Основний шлях виведення марганцю з організму жовчовиділення. Потім він практично повністю виводиться з калом, і тільки від 0,1% до 1,3% марганцю, що надійшов за день, виходить із сечею.
Виводиться марганець із організму печиво разом з калом.
Позбавитися від марганцю можна за допомогою перманганату калію.
Референсні значення: 0 – 2 мкг/л. Причини підвищення рівня марганцю в крові: гостре чи хронічне отруєння марганцем; цироз печінки.