Згідно з результатами нещодавньої реконструкції, проведеної вченими, на місці Сахари плескалися хвилі Транссахарського моря, яке покривало 3 тисячі квадратних кілометрів суші. Щоправда, це було приблизно 50–100 мільйонів років тому. Саме цим часом датуються знайдені у пустелі останки стародавніх морських тварин.Jul 14, 2019
З кліматичного погляду Сахара перетворилася на пустелю приблизно 5 млн років тому, на початку пліоцену, після чого вологість клімату зазнавала коротко- та середньострокових коливань; зокрема, в період неолітичного субплювіалу Сахара востаннє була саванною. Сучасний аридний клімат триває близько 10 тисяч років.
Нубійський водоносний горизонт розташований на північному сході. пустелі Сахара на території чотирьох держав: Лівії, Судану, Чаду та Єгипту. Водоносні шари є в багатьох частинах Сахари, але саме в цьому районі вони мають підвищену продуктивність, яка дозволяє вести активний видобуток води.
Причинами такої зміни вчені називають глобальне похолодання клімату північних широт, назване коливанням Мезокко. Хоча воно тривало кілька сотень років, зменшення рослинного покриву та поширення пустельних територій збільшили тривалість посухи до тисячі років.