Алкінам властиві ті ж види структурної ізомерії, що й алкенам: ізомерія вуглецевого скелета та ізомерія положення кратного зв'язку.
Алканам характерна як структурна, так і просторова ізомерія. Структурна ізомерія обумовлена різною будовою вуглецевого ланцюга (вуглецевого скелета) і можлива при числі атомів вуглецю не менше (4).
Цис-транс-ізомерія для алкінів не характерна, оскільки по потрійному зв'язку обертання можливе.