Специфічного лікування кліщового енцефаліту — тобто такого, що могло б усунути причину захворювання, — не існує.
У 80% випадків захворювання триває 1-3 роки, 10% хворих живуть довше (до 10 років), у 10% описано блискавичну течію, коли смерть настає менш ніж через 3 місяці.
Вірус вражає оболонки головного та спинного мозку. Захворювання триває близько 14 днів, а реабілітація триває щонайменше два місяці.