Вірус вражає оболонки головного та спинного мозку. Захворювання триває близько 14 днів, а реабілітація займає щонайменше два місяці..
Специфічного лікування кліщового енцефаліту — тобто такого, яке могло б усунути причину захворювання, — не існує.
У 80% випадків захворювання триває 1-3 роки, 10% хворих живуть довше (до 10 років), у 10% описано блискавичну течію, коли смерть настає менш ніж через 3 місяці.
Захворювання кліщовий енцефаліт розвивається протягом 2 – 3 тижнів. Можливе зараження і при роздавлюванні кліща на шкірі через невеликі шкірні ранки і мікротравми вірус швидко проникне в кровотік.