На північному заході межує з Алтайським краєм, на північному сході – з Кемеровською областю (Кузбасом), на сході – з Республікою Хакасія та Республікою Тива Росії, на півдні – з Монголією та Китайською Народною Республікою, на південному заході – з Казахстаном.
На південному заході Республіка Алтай має зовнішній кордон із Республікою Казахстан (505 км), на півдні – з Китайською Народною Республікою (55 км), на південному сході – з Монголією (290 км), а також внутрішні кордони із сусідніми регіонами – республіками Тива та Хакасія, Алтайським краєм та Кемеровською областю – Кузбасом.
На півночі край межує з Новосибірською областю, Сході – з Кемеровской областю, південно-східний кордон проходить із Республікою Алтай, на південному заході та заході – державний кордон із Республікою Казахстан протяжністю 843,6 км.
По території Республіки Алтай проходить державний кордон Російської Федерації з країнами далекого зарубіжжя: Китай та Монголія, та ближнього зарубіжжя – Казахстан.