Дозрівають шишки на рік цвітінняАле насіння висипається тільки навесні або на початку літа наступного року, а спорожнілі шишки продовжують висіти на дереві не один рік.
Жіночі шишки червонувато-рожеві чи зелені. Запилення настає одночасно з розпусканням хвої або відразу за її розпусканням, на півдні – у квітні – травні, на півночі – у червні. Шишки дозрівають восени на рік цвітіння, мають яйцеподібну або довгасто-округлу форму при довжині від 1,5 до 3,5 см.
Цвіте модрина щороку ранньою весною, шишки дозрівають наприкінці року цвітіння. Під кожною насіннєвою лускою знаходиться по 2 насіння, майже тригранні, що мають велике шкірясте крило. Вони висипаються в період з ранньої весни до літа наступного року, а порожні шишки служать окрасою дерев ще кілька років.
Весною у модрини Досить рано на гілках з'являються молоді чоловічі та жіночі шишечки. Вони виходять світ задовго до того, як дерево одягнеться хвоєю. У цей час тільки-но починають розпускатися нирки, з'являються зелені кінчики хвоїнок.