Більшість бактеріальних клітин оточені твердою клітинною стінкою, що складається з полімеру пептидоглікану, також відомого як муреїн. Пептидоглікан складається з полісахаридних ланцюгів, скріплених короткими пептидними зшивками.
У деяких бактерій в цитоплазмі є гранули, запасні поживні речовини, такі як глікоген, поліфосфат, сірка або полігідроксиалканоати.
Бактеріальна клітина складається з клітинної стінки, цитоплазматичної мембрани, цитоплазми з включеннями та ядерного апарату, званого нуклеоїдом. Є інші структури: мезосома, хроматофори, тилакоїди, вакуолі, включення полісахаридів, жирові крапельки, капсула (мікрокапсула, слиз), джгутики, пилки.